Фамилия Вальтера при рождении — Лухан. Он родился от матери-одиночки, и в подростковом возрасте решил взять фамилию отчима — Самуэль.

Мощный защитник Вальтер Самуэль, которого ценят за стабильность и умелое обращение с мячом, также слывет мастером персональной опеки и прекрасно играет на «втором этаже».

Завоевав золото юношеского чемпионата мира-1997 в составе команды Аргентины, Самуэль оформил дебют за взрослую сборную в поединке с Венесуэлой в феврале 1999 года. Вскоре он пробился в «основу» и провел три поединка на ЧМ-2002. Спортсмен не поехал на Олимпийские игры 2004 года из-за возрастных ограничений, но регулярно выступал в отборочной кампании ЧМ-2006.
Самуэль начал карьеру в «Ньюэллс Олд Бойз», а в сезоне 1996 — в возрасте 18 лет — закрепился в основном составе. Благодаря не по годам стабильной игре получил приглашение «Бока Хуниорс», куда и перешел в следующем сезоне.

1997: Быстро адаптировавшись, Самуэль сыграл важную роль в триумфальной кампании «Бока Хуниорс» в сезоне 1998/99. В следующем году клуб выиграл Кубок Либертадорес, одолев в финале «Палмейрас» по пенальти.

2000: Летом Самуэль перебрался в «Рому», отдавшую за него 19,8 млн евро, команда же заняла шестое место в серии А. Год спустя римляне выиграли первый «скудетто» за 18 лет, а аргентинец, заменивший ветерана Алдаира, пропустил всего три встречи. В следующем сезоне «Рома» уступила чемпионский титул «Ювентусу» лишь в последнем туре.

2003/04: Сезон 2002/03 сложился для римлян не слишком удачно — клуб занял второе место, отстав от «Милана» на 11 очков. Самуэль же играл превосходно, а его команда пропустила всего 19 голов. Подобная статистика не могла не привлечь внимание «Реала», отдавшего за южноамериканца 25 млн евро в мае того года.